Pada tahun 1333 Hijriah, penguasa Ottoman melarang ziarah ke tempat ini dan menggunakan tempat tersebut untuk menyimpan amunisi selama perang.
Namun, saat kekacauan terjadi pada tanggal 20 Muharram 1337 Hijriah, masjid tersebut meledak, sementara batu tempat kepala Imam Hussein tetap utuh di tempatnya, dikelilingi oleh batu-batu besar.
Pada tahun 1379 Hijriah, organisasi Jafari Islamic Rebuilding Society berhasil membangun kembali Masjid Al-Nuqtah sesuai dengan bentuk aslinya.
Keajaiban terus terjadi ketika mereka dapat menggunakan batu-batu yang sebelumnya digunakan untuk membangun masjid tersebut.